Son dönemde hükümetle yaptığı iş birliği ile gündeme gelen İşçi Partisi lideri Doğu Perinçek'in de aralarında olduğu 91 isim hakkında takipsizlik kararını 17 Aralık sonrası İstanbul savcılığına atanan Mesut Bayhan Erdinç, tarafından kapatıldı.
Söz konusu soruşturma MİT tarafından hazırlanan 330 sayfalık raporun 29 Mart 2007'de Genelkurmay Başkanlığı'na iletilmesiyle başlamıştı. Genelkurmay Başkanlığı tarafından dönemin Hava Kuvvetleri Komutanı Faruk Cömert'e elden teslim edilmişti. Cömert'in emriyle 30 Mart 2007'de raporla ilgili soruşturma ve inceleme başlatıldı. Soruşturmayı o dönem Hava Kuvvetleri Adli Müşaviri Hâkim Albay Ahmet Zeki Üçok, yürütmüştü.
Uzun yıllar askeri ve sivil savcılık arasında yetki tartışmalarının yaşandığı soruşturma dosyası 2011 yılında sivil savcılığa devredilmişti. TMK 10. Madde ile yetkili savcılıkların kapatılmasının ardından dosya ,17 Aralık sonrası İstanbul savcılığına atanan Mesut Erdinç Bayhan'a devredilmişti. Savcı Bayhan,, yaklaşık 7 ay önce aldığı dosyada takipsizlik kararı vererek dosyayı kapattı. Savcı Bayhan, aralarında Ergenekon davasından müebbet hapis cezası alan İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, oğlu Mehmet Perinçek, Albay Cengiz Köylü'nün de olduğu 91 şüpheli hakkında kovuşturmaya yer olmadığına karar verdi.
Savcının takipsizlik kararında: “Ergenekon Terör örgüt üyesi oldukları ve bu örgüt çerçevesinde eylemlere iştirak ettiklerine, bu örgüte bilerek ve isteyerek yardım ettiklerine ayrıca devletin güvenliğine ilişkin belgeleri temin etme ve sızdırdıklarına dair kamu davasının açılmasına gerektirecek mahiyette somut delil elde edilemediği anlaşılmıştır.” ifadeleri yer aldı. Ergenekon iddianamesine İşçi Partisi’nin TSK'ya sızmak için kullandığı 'karargâh evleri’ isimli yerlerde sürekli toplantılar yaptığı, bu toplantılara muvazzaf subaylarında katıldığı anlatılıyordu. Söz konusu iddiaların MİT raporunda da yer almıştı. (Zaman)